平成１５年度、流域水質保全機能増進事業によって清五郎排水路一部区間の改修工事（清五郎、長潟〜丸潟新田）が完了しました。この改修内容は、地域用水機能増進事業によるワークショップで、住民自らが考え、決定したもので、水棲植物による水質浄化を図る区間や護岸を階段上にすることで花壇としても利用できる区間など様々な工夫がほどこされ、護岸についても土や石による多自然型の工法が採用されています。

また平成１６年度についても、同様の改修（清五郎・鍋潟新田・長潟地内700m）が計画されています。